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1、微波干燥设备对油脂的影响
油脂在光、氧和加热的作用下易氧化、酸败变稠、变色。强度较高、持续时间较短的微波辐射能明显降低植物油的氧化程度，但对植物油的酸值影响不大。微波加热油脂在实际油炸过程中的应用速度比传统蒸汽加热油快，对油的伤害也比传统加热油小。用微波加热油脂是整体加热，而不是像普通加热方法那样先加热油脂的外缘。因此适当的微波处理不会影响油脂中脂肪酸的营养价值。
2、微波干燥设备对淀粉、糖类等碳水化合物的影响
低聚糖可以吸收微波，葡萄糖和葡萄糖都可以吸收微波并融化，大剂量的微波辐射可以将它们脱水成焦糖。低聚糖在微波条件下会迅速升温。因此，在加工含糖量高的食品时，应该小心糖焦糖化。淀粉是谷物的主要成分。谷物的品质与其淀粉含量、种类和存在状态密切相关。完全干燥的淀粉很少吸收微波，但在正常情况下，淀粉含有水分，可以与许多塔式食品成分共存，因此微波对给定部分的A度和结晶度有一定的影响。
3、微波干燥机对维生素类的影响
水果和蔬菜中的维生素是食品加工中受保护的成分。一些研究发现，微波对维生素的损害比传统加工小得多。因此，微波加工技术非常适合水果和蔬菜，从维生素的营养价值来衡量。微波加热是高质量的。
(1)、维生素C 其损失的主要原因是很容易被氧化。加热是维生素C含量下降的主要原因。温度越高，作用时间越长，维生素C流失越多。在加工过程中，高温加热时间越短，保存维生素C越有利。微波加工比传统方法加工的蔬菜保存更多的维生素C。主要原因是微波加热速度快，作用时间短。
(2)、维生素E在微波辐射的作用下，植物油中不饱和脂肪酸、维生素E等不稳定成分会发生一定程度的变化，从而影响植物油的质量。在不同的微波辐射时间下，植物油中维生素E的含量发生了显著变化，但合适的微波辐射强度能更好地保存食品中的维生素E。
(3)、维生素B1、维生素B2、维生素B6和维生素A维生素B1、维生素B2和维生素B6是维生素B中对光和热敏感的维生素，在加工过程中有不同程度的损失。维生素A对光和热也很敏感，在高温和氧气存在下容易分解。微波对维生素B1、维生素B2、维生素B6无特别的影响，对维生素A存在轻微的破坏作用，但相对于传统加工工艺来说影响小得多。
4、微波干燥机对蛋白质的影响
微波对牛奶中的蛋白质含量影响不大，对酱油中的氨基酸没有破坏性的分解作用，适当的微波处理也能提高大豆蛋白的营养价值。与传统烘烤方法相比，微波烘烤还能提高蛋白质的营养价值。
